Horisontaalsest geeniülekandest seeneriigis
vaid ka tuumageenide vahel. Tuumageenide HGT on leitud nii seeneperekondade vahel kui ühe perekonna
liikide vahel. Liigi Protomyces inouyei 18S rRNA geeni I grupi intronid A ja B (mis sisaldavad tugevalt
konserveerunud nukleotiidse järjestusega elemente) asetsevad nii, et A on samas positsioonis nagu liigil
Pneumocystis carinii ja B nii nagu liigil Ustilago maydis (Nishida, et al.,1993). Uurides mitmete
taimeparasiitsete seente lähedasi perekondi (Sclerotiniaceae) tuuma ribosomaalse DNA (SSU ja LSU rDNA)
järjestuste alusel leiti, et I grupi intronite osas on toimunud HGT (Holst-Jensen et al., 1999). Samale järeldusel
jõuti parasiitse kottseene Isaria japonica 18S rDNA I grupi intronite uurimisel (Ito et al., 1999).
Jaapanis uuriti üherakuliste seente Candida albicans ja C. dubliniensis kliinilisi tüvesid ja leiti, et HGT
võib olla toimunud ühe perekonna liikide vahel. Kahel C