ATP-see salvestatud energiat kasutatakse rakus biosünteesideks ja ka füüsikaliskeemilisteks tegevusteks. Adenosiindifosfaadist (ADP) ATP saadakse fosforüülimisprotsesside tulemusena. Ühendi nagu ATP füüsikaliskeemilised omadused on need, mis võimaldavad tal energiat ülekanda energiat-vajavatele süsteemidele. Energia ülekandmine seisneb teatud keemilise ühendi (fosforüülgruppi) ülekandmises. ATP-d on võimalik genereerida kolmel viisil kasutades substraatset fosforüülimist, oksüdatiivset fosforüülimist või fotosünteesi. Substraadse fosforüülimise puhul kantakse fosforüülrühm keemiliselt ühendilt adenosiindifosfaadile ADP. Oksüdatiivsel fosforüülimisel kasutatakse ATP genereerimiseks elektrokeemilist potentsiaali (laengu ja pH erinevust rakumembraani sise ja väliskülje vahel), mida nim ka prootonpotentsiaaliks. Prootonpotentsiaali loomiseks kantakse elektron metabolismiradade vaheühenditelt ahelas ühelt
sellisel viisil saadakse tunduvalt rohkem energiat kui kääritamisel ehk substraatsel fosforüülimisel. Teisalt on hapnik tugev oksüdeerija ning hingamisel tekkivad hapnikuradikaalid bakteritele äärmiselt toksilised. Sellest johtuvalt peab bakter balansseerima hapnikust saadava kasu ja toksilisuse vahel. Keskkonnas oleva hapniku kontsentratsioonist sõltuvalt on bakterid kohanenud molekulaarse hapniku olemasoluga või puudumisega ning vastavalt sellele kasutavad membraanset või substraatset fosforüülimist. Obligaatne aeroob vajab O2 kasvuks, kasutavad molekulaarset hapnikku elektroni lõpp-aktseptoriks aeroobsel hingamisel. Obligaatne anaeroob (vahel nimetatud ka aerofoobiks) ei kasuta O 2 energiaks. Molekulaarne hapnik on obligaatsetele anaeroobidele toksiline, mis tapab või inhibeerib kasvu. Sellised bakterid saavad energiat kääritamise, anaeroobse hingamise, fotosünteesi või metanogeneesi abil (energia saamine metaani lagundamisest).