prootongradienti, mida kasutab teine tülakoidide membraanis paiknev valkkompleks ATP süntaas, mis genereerib ATPd ADPst ja anorgaanilisest fosforist. ATP süntaas pumpab prootoneid kloroplastide stroomasse. Eraldub hapniku molekul. On teada, et fotosüsteem II asub tülakoidide membraanis nii, et vett oksüdeeriv sait ehk doonorsait on suunatud tülakoidide sisemuse ehk luumeni poole ja plastokinooni reduktaasi sait ehk aktseptorsait asub stroomapoolsel küljel. FSII absorbeerib kiirgust max 680nm juures (klorofüllid a ja b ning lisapigmendid: P680). Terminaalsed elektronide aktseptorid kinoonid. Fotolüüsib vett, O2 eraldub. I fotosüsteem absorbeerib kiirgust max 700nm juures (klorofüll a ja lisapigmendid. P700). Terminaalsed elektronide aktseptorid ferredoksiinid. Toodab NADPH. Taimedes esineb kaht tüüpi fosforüleerimist: 1 atsükliline (osalevad FSII ja FSI, sünteesitakse ATP ja NADPH ning eraldub O2)
Q tsükkel - ja seetõttu transporditakse stroomast luumenisse kokku 8 prootonit iga elektroni kohta 2 prootonit). Redutseerunud cytb/f kompleks annab oma elektronid plastotsüaniinile (väike vaske sisaldav valk), mis on lahustuv ja võib liikuda kahe fotosüsteemi vahel. Kui PSI reaktsioonitsentri klorofüll P700 oksüdeerub, võtab ta elektroni redutseerunud plastotsüaniinilt. Samal ajal P700 eraldunud elektron liigub membraani stroomapoolsel küljel ferredoksiinile (Fe-S valk) läbides vahepeal rea teisi e- ülekandjaid (vit K, teised Fe-S valgud). Ferredoksiinilt elektronid liiguvad NADPle redutseerides selle koos stroomast võetud prootonitega. Reaktsiooni katalüüsib ferredoksiin-NADP reduktaas (koensüümiks on FAD). Kirjeldatud e- liikumine moodustab lineaarse fs ETA. .) Vee oksüdeerumist taimedes PSII juures katalüüsivad kolm valku mida kokku nim hapnikku tootvaks kompleksiks (ingl
annaabi.ee 
