GMO
Bakterpreparaate kasutatakse üksnes kahjuri kõrge arvukuse korral, taimedes pidevalt sünteesitav
aktiivne Bt toksiin satub aga taimejäänustes mulda ja võib seal sõltuvalt keskkonnatingimustest
toimida kuni aasta.
Kohalike liikide asendumine
Võõrgeenide sisseviimine taime genoomi võib anda GM taimedele eeliseid keskkonnas
toimetulekuks, mis võib omakorda tingida nende domineerimise. Probleemiks saab see põhiliselt
erilistes keskkonnatingimustes, nt juhul, kui suudetakse luua soolatolerantsed ja põuakindlad sordid.
Eriti aktuaalne on see piirkondades, kus taimede geneetiline mitmekesisus on suur (nt mais
Mehhikos ja soja Hiinas). Nendes piirkondades võib muundkultuuride sissetung tähendada tuntavat
geneetilise mitmekesisuse vähenemist põlised sordid võivad kaduda ja asenduda monokultuuriga.
2001. aastal avaldasid I. Chapell ja D. Quist uurimuse GM materjali sisalduse kohta Mehhiko
maisis