Balti erikord ja keskvalitsus
hoolekandevalitsus ja politseivalitsus. Kuberneri juhitud kubermanguvalitsus tegeles
kubermangu igapäevase juhtimisega. Kroonupalatit juhtis viitsekuberner ning see oli
majanduslike ja rahanduslike funktsioonidega asutus, selle esimeseks ülesandeks oli maksude
kogumine. Hoolekandevalitsused tegelesid rahvahariduse, arstiabi ja heategevuslike
organisatsioonide töö korraldamisega. 1811. Aastal reorganiseeriti kuberneride aluvuses
olevad kohalikud sõjaväekomandod sisekaitseüksusteks. Sisekaitseorganisatsiooni ülesanne
oli korra kaitsmine, küikvõimalike vastupanuilmingute mahasurumine, valveteenistuse
pidamine ja arestantide saatmine.
Venemaa välispoliitiline ja sõjaline aktiivsus mõjutas ka Eesti olusid. 1801.aasta kevadel
tungis Tallinna alla kuulus Briti admiral Horatio Nelson. Hiiumaal püüti koguni oma
talupoegadest maakaitseväge moodustada, kuid tsaarivalitsus ei andnud selleks luba.
1809.aasta augustis-septembris blokkeerisid Inglise sõjalaevad koos rootslastega Paldiski