Vabariigi aastatel ka ühistegevuse professor · Kui NSV Liit 1940. aasta suvel Eesti okupeeris, alustas Tõnisson avalikku võitlust demokraatia eest, püüdes kaasa aidata antikommunistlike kandidaatide ülesseadmisele juulikuistel Riigivolikogu valimistel. 12. detsembril 1940 ta arreteeriti, peeti kinni Pagari tänava sisevanglas[11] ning ta oli vähemalt kuni 1941. aasta aprillini Tallinnas ülekuulamistel. Seal käitus ta sirgeseljaliselt ning kindlameelselt, keeldudes nimetamast oma mõttekaaslasi ning andmast muud kommunistidele kasulikku infot. Tema edaspidise saatuse kohta kindlaid andmeid ei ole, võimalik, et ta lasti 1941. aasta juulis maha. Kaupo Deemant ning teised Tõnissoni elu ja tegevust uurinud ajaloolased on jõudnud järeldusele, et pärast 2. juulil korraldatud farslikku kohtuprotsessi lasti Tõnisson koos mitme teise avaliku elu tegelasega järgmisel päeval maha.
Tõnisson haigestus tõsiselt ning tervenes alles 1940. aasta kevadeks. Selleks ajaks oli ta kohtumised Nõukogude esindajatega täielikult lõpetanud. Kui NSV Liit 1940. aasta suvel Eesti okupeeris, alustas Tõnisson avalikku võitlust demokraatia eest, püüdes kaasa aidata antikommunistlike kandidaatide ülesseadmisele juulikuistel Riigivolikogu valimistel. 12. detsembril 1940 ta arreteeriti ning ta oli vähemalt kuni 1941. aasta aprillini Tallinnas ülekuulamistel. Seal käitus ta sirgeseljaliselt ning kindlameelselt, keeldudes nimetamast oma mõttekaaslasi ning andmast muud kommunistidele kasulikku infot. Tema edaspidise saatuse kohta kindlaid andmeid ei ole, võimalik, et ta lasti 1941. aasta juulis maha. Kaupo Deemant ning teised Tõnissoni elu ja tegevust uurinud ajaloolased on jõudnud järeldusele, et pärast 2. juulil korraldatud farslikku kohtuprotsessi lasti Tõnisson koos mitme teise avaliku elu tegelasega järgmisel päeval maha.