Friedrich II
keisri vastu sõtta ei läinud, sest pidas keisrit kõigest hoolimata rahusoovlikuks ja
kristlikuks.
1250. aasta lõpus suri Friedrich II tõenäoliselt düsenteeriasse. Vaid neli aastat
pärast tema surma varises Hohenstaufenite võim kokku ning Saksamaal algas kuni
1273. aastani kestev interreegnum.
Friedrich II oli tuntud oma skepsisega usudogmade suhtes, samas näitas ta
erinevate usundite suhtes üles suurt tolerantsi, lastes Siitsilia kuningriiki ehitada ka
moseesid. Friedrich toetas lisaks kunstidele ka teadust ning rajas 1224. aastal
Napolisse ülikooli, mis kannab siiani tema nime.