Koostu tegemine algusest peale: mida iga bioloog peaks teadma
arvutialgoritmidest, mille väljundiks oleks võimalikult kõrge kvaliteediga koostu (assembly). Koostu
peab olema kõrgkvaliteediline, sest vastasel juhul osutuksid selle informatsiooni põhjal tehtavad
järjeldused vääraks. Genoomi funktsionaalsete elementide ennustamine, kodeerivate geenide
ülesleidmine, evolutsioonilise päritolu selgitamine kõiki neid protseduure mõjutab oluliselt koostu
kvaliteet.
Koostu kvaliteedi probleemi muudab komplekssemaks järjest uuemate sekveneerimistehnoloogiate
väljatöötamine. Uued sisendandmed, mis söödetakse programmidele, on teistsuguste iseärasuste ja
vigadeprofiiliga kui sekveneerimise teerajajaks osutunud Sangeri meetodi lugemid (read). Seega
peavad tarkvarade loojad pidevalt olema arengutega kursis ja kohastuma nii, et loodavad programmid
suudaksid andmeid õigesti töödelda. Kuna sisendandmed on kiires muutumises, on keeruliseks
osutunud ka seniste koostute kvaliteedi hindamine. Kui genoom saab assembleeritud ehk taas