Nimetatud orgude vahel paikneb geoloogiliselt huvipakkuv Hinsa küngastik,mis asub ülemdevoni karbonaatkivimitega kaetud aluspõhja kõrgendikul. Veestik Haanja on Eesti kõige järvederikkam ala. Neid on siin kokku umbes 175. Enamik väikesi järvenõgusid on tekkinud jääpankade sulamise tagajärjel. Suur osa endistest järvedest on tänaseks kinni kasvanud ning muutunud soodeks. Orujärved on tugevasti liigestatud kaldajoonega, näiteks Kavadi järv Uue Saalusel, seevastu kõrgustiku servadesse lõikunud orgudes on järved piklikud ja sügavad (Rõuge, Kütioru ja Piirioru järved). Suure Munamäe läheduses asuvad kaunid Vaskna ja Tuuljärv. Kõrgustiku idaosas on suuremateks Kirikumäe järv, millest lähtuvad Lätimaale suunduv Pedetsi jõgi ning Misso ja Hino järv. Ürgorgude veerudel Rõuges ja Loosil väljuvad karstiveed lubjarikaste allikatena. Kõrgustiku loodenõlva läbivad kaks sügavat orgu -- Rõuge ja Pärlijõe org
iseloomustavad veel tihe vetevõrk, suur metsasus ning väikestest hajaküladest koosnev võrdlemisi ühtlane asulatevõrk. Haanja on Eesti kõige järvederikkam ala. Neid on siin kokku umbes 175. Enamik väikesi järvenõgusid on tekkinud jääpankade sulamise tagajärjel. Suur osa endistest järvedest on tänaseks kinni kasvanud ning muutunud soodeks. Orujärved on tugevasti liigestatud kaldajoonega, näiteks Kavadi järv Uue-Saalusel, seevastu kõrgustiku servadesse lõikunud orgudes on järved piklikud ja sügavad (Rõuge, Kütioru ja Piirioru järved). Suure Munamäe läheduses asuvad kaunid Vaskna ja Tuuljärv. Viimane on Eesti kõige kõrgemal asuv järv, mille veetase on 257 m ü.p. Kõrgustiku idaosas 3 on suuremateks Kirikumäe järv, millest lähtuvad Lätimaale suunduv Pedetsi jõgi ning Misso ja Hino järv