Holokaust
1992. aastaks oli JKS-i liikmete arv tõusnud juba 2000-ni. Seltsi tegevus muutus mitmesuunaliseks. Otsustati
selts reorganiseerida ja moodustada Eesti Juudi Kogukond (EJK) – katusorganisatsioon, mille juures saaksid
tegutseda erinevad asutused ja huvialagrupid. EJK-i juhatuse koosseisu valiti 18 liiget. Taasiseseisvunud
Eesti Vabariik tagastas EJK-le 1925. aastal ehitatud koolihoone. Sellega lahenesid ruumiprobleemid. Avati
Tallinna Juudi Kool, esinduslik EJK-i kantselei, kõik kogukonna suuremad üritused toimuvad nüüd kooli
aulas või sööklas. Loodud on sotsiaalabikeskus vanurite abistamiseks. Kooli kõrvalhoone teisele korrusele
rajati uus sünagoog.
Samal ajal algas paljude juutide lahkumine Eestist oma isade maale, mõned emigreerusid USA-sse ja
Saksamaale. Kui 1989. aastal elas Eestis veidi alla viie tuhande juudi, siis 1999. aastal oli neid Eestis ainult
2500