Bach
ainult tema enda isiklikele huvidele, vaid eelkõige selle ürituse huvidele, mida helilooja on
kutsutud teenima. Kuid tema üelmused Arnstadtis mõtlesid teisiti. Kirikunõukogu ei olnud rahul
Bachi loomingulise tegevusega. Varsti pärast Arnsatadti tagasijõudmist 21.veebruaril 1706.
Aastal kutsuti Bach konsistooriumi, kus toimus ülekuulamine. Siin süüdistati Bachi
distsiplineerimatuse puhta koraalimuusika risustamises varitasioonidega, oskamatuses ümber
käia ning vääritus käitumises.
Elu Arnstadtis muutus talle väljakannatamatuks. Ta tegi kindla otsuse vahetada kohta ja,
kasutades esimest sobivat pakkumist, asus 1707. aastal Mühlhauseni, kus ta sai samasuguse
organisti koha peaaegu samade tingimustega kui Arnstadtis. Siin abiellus Bach 17.oktoobril oma
sugulase Maria Barbara Bachiga (1684 1720). 1708.aastal lahkus ta Mühlhausenist ja asus