Genoomi struktuur ja funktsioon
Laguunid on ainult osaliselt tidetud speklitega.
• 3C (Chromosome conformation capture) metoodilisel lähenemise
põhimõte ja andmete interpreteerimine genoomi struktuuri ja
funktsiooni uurimisel; eelised (e.g. FISH ees), miinused.
3C meetodiga uuritakse kromosoomide organiseeritust raku loomulikus
olekus. Põhimõte seisneb lähedal asuvate lookuste paaride sageduse
kindlaksmääramisel nende ristsidumisega. Toimub kolme sammuliselt:
1. Ristsidumine – formaldehüüdi lisamisel üksteisele lähedal asuvad
kromatiini segmendid ristseotakse. DNA segmendid ristseotakse
valkudega ja valgud ristseotakse üksteisega.
2. Kromatiin fragmenteeritakse ja ligeeritakse
3. DNA puhastatakse ja analüüsitakse (qPCR, sekveneerimine)
3C: one by one analüüs – kasutab 3C lookus-spetsiifilisi praimereid. Tulemus