initsiatsiooni kompleksi, koosneb transkriptsioonifaktoritest ja RNA polümeraasist. TBP on TFIID subühik, mis vastutab TATA boxi järjestuse ära tundmise eest ja TFIID-l sellele seostumise eest, unikaalne DNA-painutamine pärast TBP seostumist aitab ka teistel TF-del DNA-le seostuda. Nii moodustubki transkriptsiooni initsiatsiooni kompleks. Prokarüootidel toimub tranksriptsiooni initsiatsioon teisiti, ilma TBPta: Bakteriaalse polütsistroonse mRNA ribosoomaalsed sidumissaidid asuvad mRNA valkekodeeriva ala ehk tsistroni ees. Translatsiooni initsiatsioon võib alata ükskõik milliselt neist paljudest ribosoomi sidumissaitidest, mille tulemusena üks mRNA võib kodeerida erinevaid valke. Enamike eukarüootsete mRNAde puhul määrab 5'-cap struktuur ära ribosoomi sidumiskoha ja translatsioon algab lähimalt AUG koodonilt. Selle tulemusena translatsioon saab alata vaid ühelt saidilt
START-saidile. Kui ka rNTPd on keskkonnas, siis RNAPolII alustab matriitsahela transkribeerimist. Transkriptsiooni käigus teine TFIIH alaühik fosforüülib paljudest erinevatest positsioonidest RNAPolII CTDi. In vitro katsetest on selgunud, et TBP jääb TATAboxiga seotuks matriitsahela transkriptsiooni lõpuni, samas kui ülejaanud GTFid dissotseeruvad kompleksist. 15. Võrdle transkriptsiooni initsitatsiooni protsesse prokarüootidel ja eukarüootidel. Bakteriaalse polütsistroonse mRNA ribosoomaalsed sidumissaidid asuvad mRNA valkekodeeriva ala ehk tsistroni ees. Translatsiooni initsiatsioon võib alata ükskõik milliselt neist paljudest ribosoomi sidumissaitidest, mille tulemusena üks mRNA võib kodeerida erinevaid valke. Enamike eukarüootsete mRNAde puhul määrab 5'-cap struktuur ära ribosoomi sidumiskoha ja translatsioon algab lähimalt AUG koodonilt. Selle tulemusena translatsioon saab alata vaid ühelt saidilt. Paljudel juhtudel