Evolutsioon: usk, Darwin
on väga palju suurem, kui suvaline morfoloogiliste tunnuste hulk. Vahe on “astronoomiline”:
tavalises morfoloogilises võrdluses opereeritakse tosina-paari tunnusega ja harva on neid üle
saja. Samas on “keskmise” geeni pikkuseks tuhandeid nukleotiide ja iga neist võib
potensiaalselt olla neljas erinevas seisus: A, T, G ehk C. Või siis kogunisti puududa.
Teisalt aga:
Molekulaarsete tunnuste kasutamisel fülogeneetiliseks rekonstruktsiooniks on paljud
põhimõtted erinevad: nii näiteks morfoloogia puhul oluline homoloogia/analoogia eritlemise
printsiip on üsna vähese väärtusega. Samuti ei ole primaarstruktuuri erinevustest tavaliselt
võimalik lugeda välja sõnumit loodusliku valiku mõju kohta: igatahes on see veelgi raskem, kui
morfoloogiliste tunnuste vaatlemisel. Võib ju mõnel juhul sedastada, et mingi muudatus
aminohappelises järjestuses muutis ensüümi aktiivsemaks, termostabiilsemaks vms. - ja