Mikroobifusioloogia
soodustada taimehormoonide hulga reguleerimise kaudu või aidata taimedel
omastada mineraale või soodustada fotosünteesi. Kolmandaks endofüütide
grupiks on latentsed patogeenid. Sellised endofüüdid võivad olla taimele
tavatingimustes neutraalse või kohastust vähendava toimega, kuid
ekstreemtingimustes kaitsta taime.
Taimede kaitse biootilise ja abiootilise stressi vastu. Mutualistlikud
bakterid võivad taimedes esile kutsuda indutseeritud süsteemse reistentsuse ehk
ISR (induced systemic resistance) ning selle abil muuta taimed patogeenidele
resistentsemaks. Tuntuimad bakteriperekonnad, mis kutsuvad ISR esile, on
Pseudomonas ja Bacillus, kuid ka teistest perekondadest liigid võivad taimedes
ISR esile kutsuda. Taimedele kasulikud bakterid kutsuvad kolonisatsiooni alguses
sarnaselt patogeenidega ISR-i esile, kuid on võimelised ISR-i vältima ning
koloniseerimise edukalt lõpetama. Tavaliselt kutsub ISR-i esile: flagella,
annaabi.ee 
