Friedrich II
toimus keisri ja paavstide vahel pidev võitlus. 1245. aastal kuulutas Innocentius IV
Friedrichi ketseriks ja kutsus kõigi vahenditega tema vastu võitlema. Järgnes viie
aasta pikkune sõda Itaalias, mis kulges vahelduva eduga. Mitmed vürstid hoidsid
kirikuvande alla pandud monarhi poole, kuid paavstil õnnestus end Roomas siiski
kindlustada. Tema selja taga oli ka Prantsusmaa kuningas Louis IX, kes küll isiklikult
keisri vastu sõtta ei läinud, sest pidas keisrit kõigest hoolimata rahusoovlikuks ja
kristlikuks.
1250. aasta lõpus suri Friedrich II tõenäoliselt düsenteeriasse. Vaid neli aastat
pärast tema surma varises Hohenstaufenite võim kokku ning Saksamaal algas kuni
1273. aastani kestev interreegnum.
Friedrich II oli tuntud oma skepsisega usudogmade suhtes, samas näitas ta
erinevate usundite suhtes üles suurt tolerantsi, lastes Siitsilia kuningriiki ehitada ka
moseesid. Friedrich toetas lisaks kunstidele ka teadust ning rajas 1224. aastal
annaabi.ee 
