Mikroobifusioloogia
pinnad on muudetud steriilseks. Samas oli alles jäetud tingimus, et endofüüt pole
taimele kahjulik. Selline definitsioon on liiga kitsas ning tänapäeval enam ei sobi
kasutamiseks. Esiteks on teada, et sama bakter võib käituda erinevalt, kui muuta
keskkonda. Bakterid võivad olla ühes taimes kommensandid või isegi taime jaoks
kasulikud, kuid teises taimeliigis muutuda patogeenseks. Näiteks
fluorestseerivate pseudomoonaste hulgas on liigid, mida peetakse üldiselt
taimekasvu soodustavateks bakteriteks, nagu P. putida ja P. fluorescens. Samad
bakteriliigid võivad olla nahksete lehtedega sõnajalgade jaoks patogeenid.
Samuti on keeruline kitsa endofüüdi mõiste alla paigutada liike, mis taimedel
võivad olla kommensandid, kuid inimesele ohtlikud patogeenid (nt P. aeruginosa).
Teiseks, patogeensed bakterid võivad olla latentses seisundis ning muutuda
taimpatogeenideks keskkonnatingimuste muutumisel
annaabi.ee 
