Vanimad eukarüootide kivistised on 1,5 (võibolla isegi 1,7-1,9) miljardit aastat vanad, kuid neid ei ole võimalik kindlalt paigutada ühessegi tänapäeval elavasse rühma (Javaux et al., 2003; Katz et al., 2004). Eukarüootide evolutsioonis on olulist rolli mänginud endosümbioos. Kahte tüüpi organellid plastiidid (kloroplastid) ja mitokondrid pärinevad kunagi eukarüoodi poolt fagotsütoosi teel omandatud bakteritest. Mitokonder pärineb -proteobakterist ning algselt ilma mitokondrita eukarüoote pole suure tõenäosusega olemas. Kõikidel amitokondriaalsetel (mitokondrita) eukarüootidel on kindlaks tehtud, et neil kas on kunagi olnud mitokonder (tõenduseks on tüüpiliste mitokondri geenide esinemine rakutuumas) või on see tugevalt redutseerunud e. taandarenenud (näiteks hüdrogenosoomideks, mitosoomideks). Kloroplastide evolutsioon on pisut keerulisem. Primaarne endosümbioos (eukarüoot neelab tsüanobakteri, kellest kujuneb
Geneetiline informatsioon rakutuumas (kromosoomidena), mis on membraaniga ümbritsetud organell. Vanimad eukarüootide kivistised on 1,5 (võib-olla 1,71,9) miljardit aastat vanad, kuid neid ei ole võimalik kindlalt paigutada ühessegi tänapäeval elavasse rühma. Tõenäoliselt on eukarüootide rakud tekkinud endosümbioosi käigus. Kahte tüüpi organellid plastiidid ja mitokondrid pärinevad kunagi eukarüoodi poolt fagotsütoosi teel omandatud bakteritest. Mitokonder pärineb -proteobakterist. Tsüanobakteri neelas (kloroplasti kujunemine) liitvetikate, punavetikate ja rohevetikate (viimasest pärinevad kõik maismaataimed) ühine eellane. Traditsiooniliselt jagati eukarüoodid eluvormi alusel seenteks, taimedeks ja loomadeks: - taimed kui päristuumsed autotroofsed organismid, - seened kui päristuumsed kehavälise seedimisega organismid, - loomad kui päristuumsed kehasisese seedimisega organismid. 21