"protdist" - 1 õppematerjal

Bioinformaatika arvestus ül

algoritmidest (juhend!). Vastus: Samade meetoditega tulid puud suhteliselt sarnased, kuid eri meetodeid kasutades tulid ka suhteliselt erinevad puud. Näiteks DNADIST, FITCH, KITSCH ja NEIGHBOR võrdlesid järjestusi kaugmaatriksite põhjal. DNAML ja DNAMLK arvestasid iga elemendi asenduse tõenäosusega ning leidsid kõik võimalikud puud. Distance methods These programs are intended to be used sequentially. First a distance matrix is calculated by dnadist or protdist program from the multiple sequence alignment. The matrix is then  Kristina Raud YAGB-41 060290 transformed into a tree by fitch, kitsch or neighbor program. Programs dnadist and protdist create a file "outfile"