Liivi sõda, Eesti kolme kuninga valduses, Rootsi aeg, Põhjasõda
Uut valdust hakati muutma katoliiklikuks. Algas vastureformatsioon, mida soosis ka Rooma
paavst.
Vastureformatsiooni käigus alustati noorte kasvatamist katoliikluse vaimus. Praktilise
hariduse kujundamisel etendas suurt osa jesuiitide ordu.
Jesuiitide peamiseks keskuseks Eesti alal sai Tartu. 1583. ilmusid Tartusse ordu liikmes ja
alustasid kohe kooselavate preestrite ja ilmikvendade organistatsiooni- kolleegiumi-
kujundamist. Juhtnööre andis 1585. aastal Tartus olnud paavsti saadik Antonio Posevino.
Kolleegiumi raames asutati gümnaasium. Lisaks asutati Tartus tõlkide seminar.
Et vaimulikele eestikeelseks jumalateenistuseks juhtnööre anda, trükiti eestikeelseid
raamatuid.
Rootsi võim Põhja-Eestis:
Rootsi valdusesse langenud Põhja-Eestit nimetati Eestimaa hertsogkonnaks. Suure mõju
säilitas kohalik aadel. Rootsi kuningad kinnitasid kõik aadli senised õigused.
Riigimaid haldas kuningavõimu kõrgeim esindaja kuberner, kes vajadusel täitis ka
annaabi.ee 
