Läänemeri
jõgede kaudu, ning poole sellest annab põllumajanduslik äravool. Muud reostusallikad on
metsandus, tööstuslik ja munitsipaalne reovesi, laevadelt ja sõidukitelt pärinev saaste. Umbes
25% lämmastikukoormusest saabub õhust. Olulisteks fosforiallikateks (kuni 24%) on pesu- ja
nõudepesuvahendid. Alates 1980ndate aastate lõpust on fosfori- ja lämmastikukoormuse kasv
Läänemeres stabiliseerunud, kuid kontsentratsioon on endiselt äärmiselt kõrge, eriti
poolkinnistes lahtedes, nagu Liivi laht . Teiseks Läänemere oluliseks probleemiks on ohtlikud
ained, mis jõuavad merekeskkonda reovee, õhu, põllumajandusliku äravoolu, laevatranspordi,
sadamate ja avamererajatiste kaudu. Ohtlikud ained jäävad merekeskkonda väga pikaks ajaks
ning kuhjuvad toiduvõrku tasemel, mis võib olla mereorganismide jaoks mürgine. Nad
avaldavad kahjulikku mõju loomade, eriti toiduahela tipus paiknevate röövloomade
sigimisvõimele