Usutakse eksisteerivat kolm erinevat kihti pilvi, mis koosnevad ammoniaakjääst, jää ning vee segust. Siiski, esialgsed tulemused Galileo sondilt näitasid ainult ähmaseid tunnuseid pilvedest, kuid sondi sisenemiskoht oli ebatüüpiline. Maapealsed teleskoobivaatlused ja hilisemad vaatlused Galileo orbiitjaama poolt vihjasid, et sondi sisenemiskoht võis väga hästi olla sellel ajal Jupiteril üks kõige soojemaid ja kõige vähem pilvisemaid piirkondi. Jupiteri pilvedes nähtavad eredad värvid on arvatavasti Jupiteri atmosfääris olevate lisaelementide peente keemiliste reaktsioonide tagajärg, võibolla sisaldades väävlit, mille ühendid võtavad enese peale laia värvigamma, kuid selle pole täpselt teada. Jupiteri koostis Jupiter koosneb umbes 90% vesinikust ja 10% heeliumist metaani, vee, ammoniaagi ja "kivimi" lisandiga. See on koostiselt väga lähedane
lihtsaid molekule leidub väikestes kogustes. Usutakse eksisteerivat kolm erinevat kihti pilvi, mis koosnevad ammoniaakjääst, jää ning vee segust. Siiski, esialgsed tulemused Galileo sondilt näitasid ainult ähmaseid tunnuseid pilvedest, kuid sondi sisenemiskoht (vasakul) oli ebatüüpiline. Maapealsed teleskoobivaatlused ja hilisemad vaatlused Galileo orbiitjaama poolt vihjasid, et sondi sisenemiskoht võis väga hästi olla sellel ajal Jupiteril üks kõige soojemaid ja kõige vähem pilvisemaid piirkondi. Andmed Galileo atmosfäärilisondilt näitavad samuti, et seal on palju vähem vett kui arvati. Oodati, et Jupiteri atmosfäär sisaldab umbes kaks korda enam hapnikku (kombineerudes rohke vesinikuga moodustab vee) kui Päike. Kuid nüüd ilmnes, et tegelik kontsentratsioon on palju väiksem kui Päikesel. Samuti üllatav oli kõrge temperatuur ja tihedus ülemistes atmosfääri osades.