Keskkonna poliitika probleemülesanne suur-konnakotkas
poolas ja kuni 15 pesitsusterritooriumi võib leiduda ka Leedus (Väli. 2005).
Eestis pesitseb 20-30 paari (Lõhmus 1998). Aastal 2012 leiti 5-10 suur-konnakotka
pesitsusterritooriumi, kuid neist üle poolte on asustanud suur- ja väike- konnakotkaste
poolt. Alles hiljuti oli suur-konnakotkaste arvukus kaks korda kõrgem, see on tõepärane
kuna aastatel 1991-2010 oli kokku registreerunud 26 pesitsusterritooriumi. Sellel perioodil
jäi asustamata vähemalt üheksa suur-konnakotka pesitsusterritooruimi ning kuus
territooriumi asendus väike-konnakotkaga. Mandri- Eesti erinevates piirkondades on
registreeritud suur-konnakotkaste pesitsusterritooriume. Saaremaal on kohatud liiki, kui
peamiselt on nähtud mittesuguküpseid isendeid, praeguseks puuduvad saartel pesitsus
informatsioon (Keskkonnaministeerium. 2005). Tartu ja Jõgeva maakonnas on linnu
asustustihedus liigi kohta suurim (joonis 1). Pesitsusterritooriumid asuvad enamusjaolt
annaabi.ee 
