Keskkonna poliitika probleemülesanne suur-konnakotkas
elupaiga nõuetele. Efektiivsem on määrata kaitsetsoone püsielupaika eraldi järgides,
arvestada igal pesapaigal looduslikke olusid ja liigi vajadusi. Peale teadaolevate
pesapaikade kaitsele tuleks tähelepanu pöörata asustamata jäänud, kuid sobivana säilinud
pesapaiku, nõuetele vastavaid asustamata pesasid tuleks kindlasti säilitada kaitsvate
püsielupaikadena. Samas kehtib asustamata pesade kaitse all hoidmise põhimõtted (tabel.
2) (Keskkonnaministeerium. s.a.).
Suur-konnakotka pesametsadeks on soised leht ja segametsad, mille kuivendamine muudab
puistu struktuuri ebasobivaks. Püsielupaikades ja nende naabruses tuleks hoiduda
kuivendamisest. Uusi kuivendus kraavi pole soovitatav rajada pesade lähedusse lähemale
kui 1 km. Kui kuivenduskraavid on pesale lähemal kui 1 km tuleks uuendustööde
planeerimisel hinnata tegevuse negatiivsust liigile ja selleks kaasata liiki tundvaid eksperte.
Liigniiskus toimib loodusliku kaitsena, kuna inimesed ei kipu liigniisketesse metsadesse