Valdavad rabad, vähem on siirdesoid ja madalsoid. Laukaid on Alam-Pedja rabades loendatud üle 2000. Laugastikud on tihti labürinditaolised, nii et mõnigi inimene võib siit väljapääsu otsides hätta jääda. Metsaga rabasaartel pesitsevad või varjuvad inimpelglikud linnud ja loomad. Alam-Pedjal on Eestis teadaolevast viiest kotkaliigist esindatud neli: merikotkas, kalakotkas, kaljukotkas ja suur-konnakotkas, viimane Eesti madukotka pesapaik leiti samuti Alam-Pedjalt. Soosaartel pesitsevad hundid ja karud. Alam-Pedjal on nii soometsi kui lodumetsi mitmel tuhandel hektaril. Kõige haruldasemad on Alam-Pedjal uhtlammimetsad - jõe kaldavallidel paiknevad metsad. Niisuguseid metsi leidub Pedja ja Pede jõe kallastel. Tänu metsameeste arukusele on Alam-Pedjal säilinud ka mõnekümne hektari jagu algupärast salumetsa Altnurga saarik. Metsade mitmekesisuse ja põlisuse tõttu on siin väga liigirikas seenestik. Vaid ühe
Suurepindalaline terviklik loodusmaastik annab eluvõimaluse paljudele seene-, taime- ja loomaliikidele. Alam-Pedja suurimaks väärtuseks on tema suured kuivendamata soomassiivid. Soid on siin eriilmelisi ja eri tüüpi. Metsaga rabasaartel pesitsevad või varjuvad inimpelglikud linnud ja loomad. Alam-Pedjal on Eestis teadaolevast viiest kotkaliigist esindatud neli: merikotkas, kalakotkas, kaljukotkas ja suur-konnakotkas, viimane Eesti madukotka pesapaik leiti samuti Alam-Pedjalt. Soosaartel pesitsevad hundid ja karud. Alam-Pedjal on nii soometsi kui lodumetsi mitmel tuhandel hektaril. Kõige haruldasemad on Alam-Pedjal uhtlammimetsad - jõe kaldavallidel paiknevad metsad. Metsade mitmekesisuse ja põlisuse tõttu on siin väga liigirikas seenestik. 2.Endla Kaitseala, mille pindala on 10108 ha, moodustati 1985. aastal Eesti kesk- ja idaosale iseloomulike soode ja soosaarte ning Pandivere kõrgustiku lõunanõlva karstiallikate säilitamiseks. Kaitse all on
annaabi.ee 
