Sekundaarstruktuur kirjeldab, kuidas polüpeptiidahel ennast ruumiliselt paigutab. Sekundaarstruktuuri tüübid: · heeliks.. Valk on keerdunud spiraalina. Põhilised parameetrid: o Jääke pöörde kohta: 3,6 o Tõus jäägi kohta: 1,5 o Tõus pöörde kohta (samm): 3,6 1,5 = 5,4 o (väändenurk C -C sideme ümber) = - 45° o (väändenurk C -N sideme ümber) = - 60° o Valgu peaskeleti lõik, mis on vesiniksidemete abil fikseeritud heeliksiks, sisaldab 13 aatomit täispöörde kohta. Stabiliseerivad sidemed: Vesiniksidemed, mis tekivad peptiidsideme koostisesse kuuluvate amiidrühma H ja karbonüülrühma O aatomite vahel. · (voldik) leht. Ahela otsad paiknevad kõrvuti. o Paralleelne (samasuunaline) Stabiliseerivad sidemed:
Sekundaarstruktuuri tüübid: heeliks üldlevinud valkude sekundaarstruktuurielement, stabiliseeritud lähestikku asuvate aminohappejääkide peptiidsideme amiidrühma vesiniku ja karbonüülrühma hapniku vaheliste H-sidemete poolt. Jääke pöörde kohta: 3,6 Tõus jäägi kohta: 1,5 Å = -60°; = -45° Valgu peaskeleti lõik, mis on vesiniksidemete abil fikseeritud alfa heeliksiks, sisaldab 13 aatomit täispöörde kohta N-H ja C-O rühmade regulaarne vaheldumine piki heeliksi telge annab kogu heeliksile suure dipoolmomendi Neli N-H rühma heeliksi N-terminuses ja neli C=O rühma C- terminuses vajavad H-sidemete moodustamiseks teisi doonor- või
annaabi.ee 
