Evolutsioon: usk, Darwin
kokku (grupeeritakse) selle liigiga, kellega ta jagab suurima arvu ühiseid tunnuseid. Vaatamata
sellele on kauguste statistikale (distance statistics) rajatud meetodid laialt kasutuses, sest
paljudel juhtudel on nad lihtsamad ja neis olev info “ei lähe kaduma” - st. kasutatakse ära
enam infot.
Muidugi oleks kena, kui säästuprintsiibi ja distantsi alusel saadud fülogeneetilised puud
langeksid kokku. Lahknevuse (vastuolu) puhul eelistatakse tavaliselt parsimoonset puud, sest
parsimoonia on teoreetiliselt korrektsemal alusel. Viimastel aastatel on ilmunud ridamisi töid,
kus on konkreetset fülogeneetilist ülesannet lahendatud paralleelselt mitme meetodiga, samuti
spetsiaalseid töid, kus kas otseste eksperimanetaalsete andmete või simulatsioonidega on
võrreldud eri meetoditega saadud puid ja tuletatud heuristilisi reegleid, millal kasutada seda
ehk teist fülogeneetilise puu tuletamise meetodit.