Molekulaarbioloogia konspekt
nukleotiidi formaalne tõenäosus 25% ja seega on minimaalne kahe järjestuse vaheline
homoloogia st. homoloogia puudumine 25%. Järjestuse homoloogia alusel jagatakse
geenid perekondadesse ja superperekondadesse.
Geenid jagatakse järjestuse ja funktsiooni sarnasuse alusel Homoloogideks - järjestus
homoloogiline ja funktsioon sarnane, paraloogideks - järjestus homoloogiline,
funktsioon erinev ja ortoloogideks.
Tuleb teha vahet DNA homoloogia geeni homoloogia vahel.
Tüüpiline paraloogsete geenide näide on pseudogeenid, mis moodustavad suure osa
hulkraksete genoomidest.
Geenide võrdlemisel on oluline osa mitte kogu järjestuse globaalsel homoloogial vaid
lõikude leidmisel, mis on suure homoloogiaga. Eriti olulised on sellised kõrge
homoloogiaga lõigud valgu geenide võrdlemisel. Valkudes on järjestuse motiivid,
perekondade piires konserveerunud järjestuse elemendid, mis sageli koosnevad
lühikestest lõikudest, aga need lõigud peavad olema kindals järjestuses
annaabi.ee 
