Mikroobifusioloogia
transporditakse juurtest peamiselt vett taime maapealsetesse osadesse), saab
bakter liikuda kõikidesse taimeosadesse. Samas liiguvad endofüüdid mööda
juhtkimpe väga aeglaselt ning selle põhjust ei osata seletada. Ksüleemi poorid on
piisavalt suured selleks, et bakterid sealt läbi mahuks, kuid taime maapealsete
osadesse jõudmiseks võib endofüütidel kuluda nädalaid. Bakterid võivad liikuda
katteseemnetaimedel (Angiospermae) paljunemisorganitesse. Eubaktereid on
leitud taimede õitest, viljadest ja seemnetest. Paljasseemnetaimedel
(Gymnospermae, tuntuimad on okaspuud) on baktereid leitud ka tolmuteradest.
Enamik endofüüte kasutab taime koloniseerimiseks taime juuri. Taime
juurte endofüüte on võrreldud inimese soolestiku mikrobiootaga. Kõige
olulisemaks faktoriks, mis mõjutab endofüütide mitmekesisust ning koosseisu
arvatakse olevat pinnasel, kus taim elab. Seejärel on oluliseks teguriks taime
genotüüp.