"originaalmuutujate" - 1 õppematerjal

Populatsioonigeneetika 2014

suurte ja püsivate kahanemiste või kasvamistega isendite grupi korral (Ne). 5. Võrdle põhikomponentanalüüsi ja Fst analüüsi populatsioonide erinevuse määra ja iseloomu hindamisel KRISTINE. Põhikomponentide analüüs (PCA) on statistiline meetod, mida kasutades saab identifitseerida andmestikus mustrid. See võimaldab välja tuua sarnasused ning erinevused. PCA leiab limiteeritud hulga uusi muutujaid, mida kutsutakse põhikomponendi skooriks. Skoor summeerib originaalmuutujate info. Fst analüüs on esimene lihtne “ülevaateanalüüs” mida suuremahuliste genotüpiseerimisandmete puhul rakendatakse on paariviisiliste Fst de arvutus. Seda saab teha populatsiooni gruppide või populatsioonide tasemel. Erinevalt Fst analüüsist, kus geneetilisi kaugusi arvutatakse populatsioonide (või nende gruppide) kohta, kasutatakse põhikomponent analüüsi suuremahuliste genotüpiseerimisandmete analüüsil andmete üldistamiseks üksikute proovide (vaatluspunktide) tasemel