"optimaalsusprintsiibil" - 1 õppematerjal

Maximum likelihood ehk suurima tõepära meetodi kasutamine fülogeneesipuude tegemisel

toimunud mingite organismirühmade põlvnemine ning kui suur on nendevaheline sugulus. Enamasti on selleks opereerimisühikuks liik ja andmestik on DNA järjestuste kujul (kuid võib olla ka valkudel põhinev analüüs). Nii nagu teistel meetoditel, on ka eelnimetatul omad eelised ja puudused. Miinustele vaatamata on ML üsna laialt kasutatav ning tihti hea alternatiiv teistele meetoditele (näiteks parsimooniale). Suurima tõepära meetod põhineb optimaalsusprintsiibil, mille puhul valitakse mingit kindlat andmestikku kasutades väljatöötatud puude seast parima resultaadiga puu. Selleks, et leida, kui tõepärane on mingi teada oleva järjestuse asetus meie poolt uuritavas fülogeneesipuus, peab lähtuma puu topoloogiast, harude pikkusest, nukleotiidide sagedusest ja transitsiooni ning transversiooni määrast (transitsioon on olukord, kus DNA-s (C<->T,A<->G) ja transversioon (C või T<->A või G)). Eesmärk on neid kõiki korraga optimeerida. Selleks on