Molekulaarne evolutsioon
Fülogenoomika
53. Iseloomustage liigipuu konstrueerimise meetodeid, mis
kasutavad mitme geenilookuse või kogu genoomi järjestusi
(genoomi üldiseid tunnuseid kasutavad meetodid ja DNA
järjestusi kasutavad meetodid).
Meetodid, mis kasutavad genoomi üldisi tunnuseid:
Oligomeeride sagedused – kasutada võib kogu genoomi
järjestust, ainult kodeerivaid järjestusi või valkude AH-lisi
järjestusi. Ainult üks parameeter – oligomeri pikkus K.
Homolooge pole vaja tuvastada, järjestusi pole vaja joondada.
Oligomeeride sageduste põhjal arvutatakse distantsmaatriks.
Puu konstrueerimiseks kasutatakse distantsmeetodeid.
Geenide sisaldus genoomis – puud konstrueeritakse
distantsmeetoditega: liikide evolutsioonilist kaugust
hinnatakse jagatud ortoloogsete geenide osakaalu põhjal. Või
säästumeetodiga: taksonile omistatakse skoor vastavalt
annaabi.ee 
