Emajõgi
nurg, vimb, koger, säga, angerjas ja kiisk. Kalade põhiliseks toiduks Emajões on
väheharjasussid ja surusääsklaste vastsed. Jõepõhja ühel ruutmeetril elab keskmiselt
7290 erisugust liiki isendeid, kuid see arv võib olla kahanenud reovete ja
palgiparvetusega 20 saj. alguses. Emajõe zooplanktonis esineb periooditi massiliselt
ripsloomi (Vorticella, Tintinnopsis lacustri), arvukalt viburloomi (Difflugia limnetica) ning
keriloomadest ogakerilane (Keratella cochlearis).
Vanajõgede tähtsus kalastikule
Kalastiku taastootmise seisukohast on eriline tähtsus Emajõe vanajõgedel ning ajutistel
luhaveekogudel, mis on olulised kudealad ja
noorjärkude kasvulavad paljudele Võrtsjärves ja Peipsis elavatele kalaliikidele
Vanajõed on ka oluliseks elupaigaks Euroopa väga haruldastele ja varjatud eluviisiga
kalaliikidele vingerjale, hingule, tõugjasele ja võldasele.