"nukleotiidipositsioonides" - 1 õppematerjal

Molekulaarne evolutsioon

võtta! Eeldused: 1. Mudelist tulenevad asenduse kiirused kehtivad kõigile nukleotiidipositsioonidele. Kõrvalekalded: keskmised asenduse kiirused imetajate geenides ja pseudogeenides on erinevad. Asenduse kiiruse varieerumist nukleotiidipositsiooniti võtavad arvesse GTR + I, GTR + Γ, GTR + I + Γ. 2. Nukleotiidi asendus ühes nukleotiidipositsioonis ei mõjuta nukleotiidi asendust teistes nukleotiidipositsioonides. Kõrvalekalded: kompensatoorsed asendused rRNA geenides (C  G asendus). 3. Asenduse kiirus on konstantne ajas ja liinides. Kõrvalekalded: asenduste kiiruse muutumine ajas on iseloomulik valkude evolutsioonile. Covarion mudelid võimaldavad nukleotiidipositsioonidel lülituda ühelt kiirusklassilt teisele. Selle tulemusena saab evolutsiooni kiirus konkreetses nukleotiidipositsioonis liiniti erineda. 4