Molekulaarne evolutsioon
37. Selgitage tõepära meetodite põhimõtet.
Alustuseks arvutatakse tõepära ühele nukleotiidipositsioonile.
Arvutatakse tõenäosus näha tippudes teatud nukleotiide. Mõni neist
võimalustest võib olla vähem täenäoline kui teised, kuid mitte ühegi
variandi tõenäosus ei võrdu nulliga. Tõenäosused liidetakse kokku ja
saadakse tõepära. Eeldades, et nukleotiidipositsioonid
evolutsioneeruvad sõltumatult, korrutatakse kõigi
nukleotiidipositsioonide tõepärad ning saadakse kogu puu tõepära
väärtus. arvutatakse kõik võimalikud puud ja nende tõepärad ning
otsitakse parimad puud.
38. Iseloomustage järgmisi optimaalse puu otsingu
strateegiaid: põhjalik otsing, branch-and-bound search ja
heuristiline otsing.
Põhjalik otsing – arvutatakse kõik võimalikud puud.
Branch-and-bound – ignoreeritakse eelmisest pikemaid puid.
Kaudselt hinnatakse kõiki võimalikke puid, kuid kõiki puid ei arvutata
annaabi.ee 
