Molekulaarne evolutsioon
Optimummeetodid on arvutuslikult aeganõudvad. Suurima
tõepära meetod on kõige aeganõudvam.
Võimsus – kui palju andmeid vajab ja kui suurt osa
andmestikust kasutab. Distantsmeetodid (UPGMA, NJ, ME –
min.evo) kaotavad osa infost, kui muudavad originaaladmed
järjestuste evolutsioonilisteks kaugusteks. Säästumeetod
kasutab ainult säästumeetodi-informatiivseid
nukleotiidipositsioone. Ainult säästumeetod saab hõlpsasti
kasutada indeleid. Suurimatõepära meetod võib eirata
nukleotiidipositsioone, milles mõne taksoni järjestustel puudub
nukleotiid (indelid). Suurima tõepärameetod ja säästumeetod
on võimsad meetodid – vajavad suht vähe tunnuseid.
Kooskõlalisus – kooskõlalisus õige puuga; andmete juurde
tootmisel konstrueerib õige puu. Puude konstrueerimise
annaabi.ee 
