Molekulaarbioloogia
47
Bakterites on kas rho sõltuv või sõltumatu. Rho sõltuv – pööratud
kordusjärjestused ja nendele 10 nukleotiidilistele pööratud kordusjärjestusele järgneb
8 AT paari (ühel ahelal ainult A, teisel T). RNA-sse lülitatav nukleotiid on U rikas. Võib
moodustada juuksenõela struktuuri ja kui on piisavalt stabiilne, tekib kaheahelaline
RNA aktiivtsentris - sellega RNA polümeraas ei seondu. Sünteesi käigus hoiab RNA
polümeraas enda käes 8-nukleotiidilist heterodupleksi (RNA ja DNA hübriid).
Juuksenõelastruktuur peab olema piisavalt pikk, et dissotseeruda RNA polümeraasi
kompleks DNA-lt. Kaksikahel (RNA-RNA – juuksenõela moodustumisel) on stabiilsem
kui RNA-DNA heterodupleks. Sellise järjestuse puhul kus on AT paar, selle koha pealt
võib RNA kergelt dissotseeruda ja produkt vabaneb. Siis ka süntees katkeb.
Rho sõltuv faktor moodustab heksameere ja seondub RNA-ga. Liigub mööda ahelat