Mikroobifusioloogia
kasutatavad pumbad on olulised nii inimese kudede kui ka taimekudede
efektiivseks koloniseerimiseks. Näiteks Stenotrophomonas maltophila kliiniliselt
olulised tüved, mille kinoloonide resistsust tagav eflukspump SmeDEF on oluline
tomati juurte edukaks koloniseerimiseks.
Taimekudesid on võimelised edukalt koloniseerima inim-, loom- kui ka
taimpatogeenid. Inimese patogeenid perekondadest Enterobacter, Pseudomonas,
Staphylococcus, Mycobacterium, Escherichia jpt võivad olla taimes
mutualistlikeks endofüütideks ning soodustada taime kasvu, samas on nad
tuntud kui inimese ohtlikud patogeenid. Enterobacteriaceae on suur sugukond,
millest on paljud bakterid tuntud inimese patogeensete tüvedena. Need tüved
võivad elada väljaspool loomade soolestiku taimedes endofüütidena ning olla
looduslikuks reservuaadiks. Näiteks Escherichia coli inimesele patogeensed tüved
võivad edukalt koloniseerida salatit ning liikuda mööda juhtkudesid salati organite
vahel.