Bioinformaatika ülesanded
Bioinformaatika ülesanded
Järjestuste paaride joondamine (dot-plot, dünaamiline programmeerimine, skoorid).
1. Milliste ülesannete lahendamisel on vajalik järjestuste joondamine?
2. Kasutada suvalist dot ploti visualiseerimise programmi (näiteks DotMatcher
http://mfgn.usm.edu/cgi-bin/emboss.pl?_action=input&_app=dotmatcher või
DotPlot'i applet http://arbl.cvmbs.colostate.edu/molkit/dnadot/index.html). Leida
järgnevate nukleotiidsete järjestuste paaride sarnased piirkonnad erinevatel raami
suurustel ja sarnasuse piirväärtustel raam = 1, lim = 0. Leida kõik suuremad
sarnased piirkonnad varieerides raami ja piirväärtuse suurust, põhjendada tulemuste
seost parameetrite väärtustega. Millise nähtusega võiks tegemist olla?
· atgttgatgattaaaggaattatttttgatatggacggtgttttatttgatacagaacctttttatctgaggcg
annaabi.ee 
