Mikroobifusioloogia
osadesse jõudmiseks võib endofüütidel kuluda nädalaid. Bakterid võivad liikuda
katteseemnetaimedel (Angiospermae) paljunemisorganitesse. Eubaktereid on
leitud taimede õitest, viljadest ja seemnetest. Paljasseemnetaimedel
(Gymnospermae, tuntuimad on okaspuud) on baktereid leitud ka tolmuteradest.
Enamik endofüüte kasutab taime koloniseerimiseks taime juuri. Taime
juurte endofüüte on võrreldud inimese soolestiku mikrobiootaga. Kõige
olulisemaks faktoriks, mis mõjutab endofüütide mitmekesisust ning koosseisu
arvatakse olevat pinnasel, kus taim elab. Seejärel on oluliseks teguriks taime
genotüüp.
Taime endofüüdid võivad edasi kanduda seemnetega. Näiteks maisi puhul
määravad seemnetega endasikantavad endofüüdid taime vastupidavuse
stressile. Samas seemnetega edasikantavate endofüütide koosseis erineb juurte
kaudu koloniseerinud endofüütidest. Seemnetega endofüütide edasikandumine
annaabi.ee 
