Viirused
rõngas-DNAna jääda, kuni rakk aktiveerub.
Pärast integreerumist transkribeeritakse viiruse DNAlt kui raku geenilt peremehe RNA polümeraas II poolt, tekib täispikkusega
RNA, milles lihtsatel retroviirustel on gag, gag-pol või env geenijärjestused. Täispikkusega genoomi transkriptid võivad
assambleeruda uuteks virionideks.
Kuna viirus käitub raku geenina sõltub tema replikatsioon viiruse DNA metüleerituse astmest ja raku kasvukiirusest, peamiselt
aga raku võimest ära tunda LTRregiooni enhancereid ja promootoreid. Raku stimulatsioon vastusena teistele infektsioonidele,
tsütokiinide või mitogeenide toimel toodab transkriptsioonifaktoreid, mis seostuvad LTRiga, võivad viiruse transkriptsiooni
aktiveerida. Kui viirus kodeerib viiruse onkogeene, võib ta promoda rakukasvu, stimuleerida transkriptsiooni ja seega viiruse
replikatsiooni. Raku võime retroviirusgenoomi transkribeerida on koetropismi ja peremeeste spektri teine peamine determinant.