eukarüoote pole suure tõenäosusega olemas. Kõikidel amitokondriaalsetel (mitokondrita) eukarüootidel on kindlaks tehtud, et neil kas on kunagi olnud mitokonder (tõenduseks on tüüpiliste mitokondri geenide esinemine rakutuumas) või on see tugevalt redutseerunud e. taandarenenud (näiteks hüdrogenosoomideks, mitosoomideks). Kloroplastide evolutsioon on pisut keerulisem. Primaarne endosümbioos (eukarüoot neelab tsüanobakteri, kellest kujuneb sümbiont) leidis aset liitvetikate, punavetikate ja rohevetikate (kellest pärinevad kõik maismaataimed) ühisel eellasel. Sekundaarse endosümbioosi (eukarüoot neelab juba kloroplastiga varustatud eukarüoodi) juhtumeid on olnud rohkem. On kahte tüüpi sekundaarsete plastiididega vetikaid ühtede plastiidid on pärit punavetikast ja teiste omad rohevetikast. Punavetika tüüpi plastiidid on järgmistel rühmadel: neelvetikad (Cryptophyta), haptofüüdid (Haptophyta), stramenopiilid (Heterokonta; nt
Vanimad eukarüootide kivistised on 1,5 (võib-olla 1,71,9) miljardit aastat vanad, kuid neid ei ole võimalik kindlalt paigutada ühessegi tänapäeval elavasse rühma. Tõenäoliselt on eukarüootide rakud tekkinud endosümbioosi käigus. Kahte tüüpi organellid plastiidid ja mitokondrid pärinevad kunagi eukarüoodi poolt fagotsütoosi teel omandatud bakteritest. Mitokonder pärineb -proteobakterist. Tsüanobakteri neelas (kloroplasti kujunemine) liitvetikate, punavetikate ja rohevetikate (viimasest pärinevad kõik maismaataimed) ühine eellane. Traditsiooniliselt jagati eukarüoodid eluvormi alusel seenteks, taimedeks ja loomadeks: - taimed kui päristuumsed autotroofsed organismid, - seened kui päristuumsed kehavälise seedimisega organismid, - loomad kui päristuumsed kehasisese seedimisega organismid. 21