Läbivoolust oleneb vee karedus ja värvus ning ka läbipaistvus. Füüsikalised tegurid ja mis neist sõltub - Päikesekiirgus on elus kõige olulisem tegur, fotosünteesi ja hingamise kõrval mõjub ka kõigile teistele protsessidele (toitumine, toidu omastamine, paljunemine, liikumisaktiivsus jne.). Osaliselt ultraviolettkiirguse mõjul toimub huumusainete esmane lagunemine huumustoitelistes järvedes, mis muudab need bakteritele kättesaadavaks. Hägusus on probleem 1)hüpertroofsetes (liigtoitelistes) järvedes; 2)tuule väga tugeva segava toime korral 3)veehoidlates ja suurtes jõgedes.Temperatuur (t) on tihedalt seotud vee vertikaalse kihistuse ja liikumisega, seega ka hägususe ja läbipaistvusega. Temast sõltub pöördvõrdeliselt vee viskoossus, sellest omakorda vetikate settimise kiirus või püsimine veekihis. t mõjutab orgaanilise aine mineralisatsiooni kiirust, seega ka biogeenide taastumise kiirust veekogus.
Nii settiv vetikamass kui ka suurtaimede jäänused on peamine järvede mudastumise põhjus. Orgaanilise aine poolest rikas mudasete mõjustab omakorda järve oluliselt, kahandades vee hapnikusisaldust ning rikastades vett biogeensete ainetega (viimased lahustuvad mudast vette tagasi). Veekogude eutrofeerumisel muutub nii vetikate kui suurtaimede liigiline koosseis, liigirikkus, dominandid. Hüportroofsetes ehk liigtoitelistes järvedes vohavad sageli sinivetikad, mille ainevahetuse ja laguproduktid on toksilised. Kiiresti reageerivad vesikeskkonna muutustele ka bakterid. Koos veekogu toitelisuse suurenemisega kasvab nende arvukus, kuid väheneb nende orgaanilist ainet lagundav aktiivsus. Olulisi muutusi täheldatakse kogu elustikus: ka zooplanktonis, zoobentoses ning kalastikus. Biogeense koormuse suurenemine toob seega kaasa muutusi veekogu troofilises ahelas.