Mikroobifusioloogia
Kolmandaks, kõik bakterid
pole kultiveeritavad ning traditsiooniliste mikrobiootiliste meetoditega pole
võimalik taimekudedest kirjeldada kõiki baktereid. Sellest tulenevalt
defineeritakse tänapäeval endofüüdiks mikroorganismid elukoha järgi, kus nad
elavad, vaatamata funktsioonile. Seega endofüüdid on kõik mikroorganismid, mis
teatud eluetapil või terve elu elavad taimekudedes.
16.2. Endofüüdid
Endofüütseid baktereid on leitud väga erinevatest taimehõimkondadest:
lehtsammaltaimedest (Bryophyta), sõnajalgtaimedest (Pteridophyta),
paljasseemnetaimedest (Gymnospermae) ja katteseemnetaimedest ehk
õistaimedest (Angiospermae).
Taimedest on leitud väga palju erinevatest hõimkondadest baktereid. 16S
rRNA sekveneerimise abil on kirjeldatud taimede kudedest 21 eubakterite
hõimkonda ja 2 arhede hõimkonda, nagu näiteks Acidobacteria, Actinobacteria,
Bacteroidetes, Chlamydiae, Frimicutes, Proteobacteria, Spirochaetae jpt. Kuigi
annaabi.ee 
