Vabadussõja kindralid ja admiralid
aasta aprillis kodumaale tagasi. Ta oli esialgu meelestatud saksameelselt ning
agiteeris eesti mehi astuma Saksa sõjaväkke. 21. augustil sai ta siinse SD ülemalt
obersturembannfürerilt Baatzilt loa eriüksise moodustamiseks, mis sai nimeks
Löögirühma Admiral Pitka ja kuhu tuli kokku paarsada meest. 22. septembril pidas
see Kosel lahingut venelastega, seejärel taganes võitlustega üle Tallinna ja keila
Läänemerele.
Admiral Johan Pitka langes nende lahungute käigus seni teadmata kohas,
kuupäeval ja asjaoludel. Aga võib-olla ei langenud, vaid uppus paadiga tormisel
merel, üritades jõuda mandrilt mõnele Eesti läänesaarele.
J. Pitka pojad August-Andreas, Edward ja Stanley küüditati 14. juunil 1941 koos
abikaasadega Venemaale. 20. juulil 1942 lasti Moskvas Butõrka vanglas maha
August-Andreas, sama aasta 1. septembril Solikamski vanglas ka Edward ja Stanley.
J. Pitka tütred Saima ja Linda koos abikaasadega põgenesid 1944