7. märtsil 1999 toimunud Riigikogu valimistel sai Reformierakond 77 088 häält ja 18 kohta Riigikogus. 17. märtsil sõlmis Reformierakond Isamaaliidu ja Mõõdukatega koalitsioonilepingu, mille alusel moodustati valitsus, kus Reformierakond sai viis ministrikohta. Erakonna esimees Siim Kallas sai rahandusministriks, erakonna peasekretär Heiki Kranich keskkonnaministriks, erakonna juhatuse liikmed Märt Rask justiits- ja Toivo Asmer portfellita ministriks. Kultuuriministriks kinnitati Signe Kivi. Reformierakond kuulub koos Keskerakonnaga Euroopa liberaalsete ja reformiparteide ühendusse. 2007. aasta Riigikogu valimised 2007. aasta Riigikogu valimiste eel tegi erakond rohkesti valimisreklaami, sealhulgas tänavaplakatitega enne aktiivse valimiskampaania algust. Lubadused keskendusid palkade ja toetuste suurendamisele. Kampaania kulud Valimiskampaaniale kulutati kokku 32,4 miljonit krooni, sealhulgas · telereklaamile 8,6 miljonit krooni
lubamist Eesti territooriumile. 17. juunil algab okupatsioon, kui riiki siseneb umbes 80 000 punaväelast. 21. juunil korraldatakse vastavalt NSV Liidu korraldusele Vabaduse väljakul meeleavaldus NSV Liidu ultimaatumis väljendatud nõudmiste toetuseks. Sama päeva õhtul tehakse teatavaks uue valitsuse koosseis, kus peaministriks sai arstist luuletaja Johannes Vares-Barbarus, tema asetäitjaks Hans Kruus, kultuuriministriks sai Johannes Semper. Riigikogu saadetakse laiali ja kuulutatakse välja ennetähtaegsed valimised, kusjuures kavatseti moodustada vaid Riigivolikogu, Riiginõukogu ei pidanud enam kokku tulema. 14.-15. juulil toimunud ,,valimised" olid eht nõukogulikud üles seati ainult üks kandidaat, kasutati valijate hirmutamist ning ei põlatud ka tulemuste võltsimist. 21.-23. juulil aset leidnud Riigivolikogu istungjärgul nimetati Eesti ümber
annaabi.ee 
