mille seesmise kihi moodustavad seemnekambrite seinad. Harilikult leidub puul mitmesuguse kujuga vilju. See on tingitud mitmesugustest teguritest, nagu õie asukohast õisikus, viljade asetusest oksal või eri võraosal ning puudulikust viljastamisest. Vilja pind on sile või ribiline, mõnikord kühmuline. Viljakoore värvus koos vilja kujuga on üks tähtsamaid sorditunnuseid. Kattevärvus on tingitud värvainetest, mis tekivad koorerakkude otsese päikesevalguse toimel. Kattevärvus muutub intensiivsemaks ereda päikesevalguse, jahedate ööde jt. tegurite mõjul viljade valmimise perioodil. Mida paksem ja rasvasem on koor, seda pikem on vilja säilivusaeg. Normaalseks kasvamiseks ja viljakandmiseks vajab õunapuu 500 600 mm sademeid aastas. Kõige tähtsamad on mais, juunis ja juulis langevad sademed, sest siis toimub õitsemine, viljade moodustumine, kasvamine ning õiepungade tekkimine
toitainete vähesus lehtede ja varte koloniseerimist. Ainult spetsiifilised bakterid on võimelised taime maapealseid osi koloniseerima ning see toimub õhulõhede ja hüdratoodide kaudu. Hüdratoodid on taimeorganid, mille kaudu taim vabaneb üleliigsest veest, kui aurumine on vähene. Sõltuvalt bakterist on välja pakutud erinevaid koloniseerimisviise, mida võib jagada kaheks: passiivseks ja aktiivseks koloniseerimiseks. Bakterid peavad läbima taime eksodermi (koorerakkude kihi), mis on esmaseks barjääriks. Kui bakter tungib läbi endodermi ning jõuab ksüleemi (taime juhtkoed, millega transporditakse juurtest peamiselt vett taime maapealsetesse osadesse), saab bakter liikuda kõikidesse taimeosadesse. Samas liiguvad endofüüdid mööda juhtkimpe väga aeglaselt ning selle põhjust ei osata seletada. Ksüleemi poorid on piisavalt suured selleks, et bakterid sealt läbi mahuks, kuid taime maapealsete osadesse jõudmiseks võib endofüütidel kuluda nädalaid