"kontiigidest" - 1 õppematerjal

Koostu tegemine algusest peale: mida iga bioloog peaks teadma

(mate pair). Toimub kontiigide järjestamine ning orienteerimine kasutades lugemite paarist pärit lisainformatsiooni, mis leidub nende järjestuse mõlemas otsas (paired end). Paariliste lugemite tegemisel fragmenteeritakse DNA ja saadakse järjestusi, mille otsi sekveneeritakse ­ genereeritakse lugemid. Fragmentide keskmine piirkond jääb tavaliselt sekveneerimata. Skäffold koosneb kontiigidest ja kontiigide vahele jäävatest tühimikest (gaps). Paralleelselt termini paired end kõrval kasutatakse ka mate pair, mis täidavad mõlemad sama eesmärki ehk annavad informatsiooni kahe lugemi vahelisest füüsilisest kaugusest. Erinevus nende vahel seisneb raamatukogu tegemise metodoloogias. Kuigi tühimiku (gap) järjestus ei ole teada, on võimalik hinnata selle pikkust kontiigide endi pikkuste järgi, mis on umbkaudu teada.