Koostu tegemine algusest peale: mida iga bioloog peaks teadma
arvutiprogrammid proovivad rekonstrueerida erinevaid pikemaid biopolümeeride järjestusi kasutades
selleks sekveneeritud järjestuste joondamist mitmesuguste algoritmide alusel. Assemblerid
tööpõhimõte eeldab, et kui kahel lugemil esineb nukleotiidiline ühisosa, siis pärinevad nad tõenäoliselt
genoomi samast kromosoomi piirkonnast. Kui selline kattuvus on tuvastatud, siis joondab programm
lugemid vastavalt kontiigideks. Kontiig ehk piirnevaid järjestusi moodustavad komplekt ülekattuvaid
DNA segmente (lugemid), mis üheskoos moodustavad ühe DNA regiooni konsensuspiirkonna.
Kontiigide puhul ei ole teada, kummast DNA ahelast on nad rekonstrueeritud. Asukoha
määratlemiseks viiakse kontiigidega läbi protseduur, mida nimetatakse skäffoldimiseks.
Skäffoldimisetapil kasutatakse kahte tüüpi järjestusi: kontiige (liidetud lugemeid) ja lugemite paare
(mate pair)
annaabi.ee 
