"kontiigide" - 1 õppematerjal

Koostu tegemine algusest peale: mida iga bioloog peaks teadma

Assemblerid tööpõhimõte eeldab, et kui kahel lugemil esineb nukleotiidiline ühisosa, siis pärinevad nad tõenäoliselt genoomi samast kromosoomi piirkonnast. Kui selline kattuvus on tuvastatud, siis joondab programm lugemid vastavalt kontiigideks. Kontiig ehk piirnevaid järjestusi moodustavad komplekt ülekattuvaid DNA segmente (lugemid), mis üheskoos moodustavad ühe DNA regiooni konsensuspiirkonna. Kontiigide puhul ei ole teada, kummast DNA ahelast on nad rekonstrueeritud. Asukoha määratlemiseks viiakse kontiigidega läbi protseduur, mida nimetatakse skäffoldimiseks. Skäffoldimisetapil kasutatakse kahte tüüpi järjestusi: kontiige (liidetud lugemeid) ja lugemite paare (mate pair). Toimub kontiigide järjestamine ning orienteerimine kasutades lugemite paarist pärit lisainformatsiooni, mis leidub nende järjestuse mõlemas otsas (paired end). Paariliste lugemite